Brügglen liegt auf 547 Meter über Meer, 8 km südsüdwestlich des Kantonshauptortes Solothurn (Luftlinie).
Das Haufendorf erstreckt sich auf einem Plateau des östlichen Bucheggbergs, südlich des Mühletals, im Solothurner Mittelland.

Die Fläche des 1.7 km² grossen Gemeindegebiets umfasst einen Abschnitt der Molassehöhen des Bucheggberges. Den zentralen Teil des Gebietes bildet das Hochplateau von Brügglen, das sich gegen Nordosten zu einem Seitentälchen des Mühletals absenkt. Südlich an das Plateau schliesst die Waldhöhe Ämit an, auf der mit 620 m ü. M. der höchste Punkt von Brügglen erreicht wird. Nach Norden erstreckt sich der Gemeindeboden über den mittleren Abschnitt des Mühletals auf den Waldrücken des Änerholzes (bis 555 m ü. M.), welcher das Mühletal vom Biberntal trennt. Von der Gemeindefläche entfielen 1997 5 % auf Siedlungen, 40 % auf Wald und Gehölze und 55 % auf Landwirtschaft.

Zu Brügglen gehören der Weiler Blumenrüti (542 m ü. M.) auf dem Plateau östlich des Dorfes sowie mehrere Einzelhöfe.
Nachbargemeinden von Brügglen sind Lüterkofen-Ichertswil, Küttigkofen, Kyburg-Buchegg, Aetingen, Mühledorf und Tscheppach.

Durch Brügglen führt auch die wunderbare Waldwanderung Bucheggberg.